mirna与靶基因研究方法(mirna预测靶基因结果怎么看)

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　　 MiRNA是科学研究的新手朋友。

　　 MicroRNA研究一直是国内外研究的热点领域。每年都有大量与microRNA相关的文章发表或相关的基金申请，而microRNA功能研究最重要的就是对其靶基因的确认。荷叶今天介绍一些预测MicroRNA靶基因的常用工具。

　　任何人

　　预测软件

　　网站：新版本

　　 http://www.targetscan.org/vert_72/

　　旧版本

　　 http://www.targetscan.org/mamm_31/

　　 TargetScan使用起来非常简单方便。输入基因名称可以找出一个基因的3’UTR在多个microRNA中可能的作用。最新版本的TargetScan还列出了迄今为止发现的各种3UTR。通过输入microRNA的名称，我们可以找到某个microRNA可能作用的多种靶基因。

　　图1在TargetScan网站上找到目标基因的候选miRNA

　　图2在TargetScan网站中查找目标miRNA的候选靶基因。

　　注射毒品

　　 miRcode

　　网址：

　　 http://www.mircode.org/index.php

　　与TargetScan相比，miRcode主要增加了对ncRNA和非3UTR区域的搜索。

　　图3 miRcode miRNA靶基因预测包括ncRNA

　　三

　　 miRDB

　　网址：

　　 http://www.mirdb.org/cgi-bin/search.cgi

　　 MiRDB具有比TargetScan更多的功能，除了搜索3’UTR区，还可以搜索编码区和5’UTR区，并匹配给定的序列。

　　图4 miRDB预测靶基因或发现候选miRNA

　　图5 miRDB可以筛选给定的序列或非3’UTR。

　　四

　　 RNA22

　　网址：

　　 https://cm . Jefferson . edu/data-tools-downloads/RNA 22-全套预测/

　　 RNA22类似于miRDB，可以预测miRNA的靶基因以及mRNA、LincRNA、LncRNA的候选作用(miRNA(RNA22可视化工具)。此外，它还有一个强大的功能(RNA22动态预测工具)，可以在线预测特定基因序列和特定miRNA序列的作用位点。

　　图6 RNA22预测miRNA靶基因

　　图7 RNA22预测了miRNA和特定候选序列的结合位点

　　五

　　其他预测工具

　　 microrna.org

　　网址：

　　 http://www.microrna.org/microrna/home.do

　　 PicTar

　　网址：

　　 https://pictar.mdc-berlin.de/

　　皮塔饼

　　网址：

　　 https://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_dyn_data.html

　　六

　　基于实验数据的MiRNA靶基因库

　　星际基地

　　网址：

　　 http://starbase.sysu.edu.cn/

　　 StarBase基于Ago-Seq数据收集了miRNA与mRNA和各种ncRNA的相互作用结果。用散点图和直方图绘制miRNA和靶基因在各种肿瘤中的表达水平具有重要意义。

　　图8 starBase数据库

　　图9 starBase分析肿瘤中miRNA和靶基因的表达。

　　 miRTarBase

　　网址：

　　 http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/php/index.php

　　图10 miRTarBase包含检测到的miR-Target数据

　　柏油路

　　网址：

　　 http://Carolina . IMIS . Athena-innovation . gr/Diana _ tools/web/index . PHP？r=tarbasev8/index/

　　图11 TarBase数据库

　　这些数据库包含通过各种手段检测到的miR-Target数据，研究人员可以检查目标基因是否被研究过，或者研究到什么程度。

　　 MiRNA靶基因的预测往往需要多种预测工具。希望荷叶介绍的工具对你的mirna研究有所帮助。

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Tags： 网络趣事  

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